代々木アニメーション学院高等部は、高校と同じ勉強を行い高校卒業の資格を取得することが可能です。なお二つのコースに分けられ「専攻課程コース」と「高等課程コース」が存在します。
「専攻課程コース」というのは、高校と専攻コースの二つを勉強することが出来るコースです。一方、「高等課程コース」は、高校の勉強のみを行うことが出来るコースです。専攻コースには、代々木アニメーション学院には様々な芸能、クリエイター、アニメ、小説等の様々な専攻コースがあるのでその中から好きな専攻を勉強をすることが可能です。代々木アニメーション学院高等部の学費については、「高等課程コース」より「専攻課程コース」の方が課程コースの分だけ割高であるのは確かです。代々木アニメーション学院高等部の全日制に入学した場合、初年度は入学金15万円、授業料65万円、設備費18万円、教材費7万円、校友会費２万円、学生保険費3万円、イベント費5万円の合計金額が学費として掛ります。2年目以降の学費については授業料65万円、設備費18万円、教材費2万円、イベント費5万円となります。
代々木アニメーション学院高等部初年度は入学金15万円
